Cómo enfrentar a la subversión, fue un dilema que resolvieron desde el principio los fundadores de las autodefensas utilizando como instructores de sus tropas a militares activos y retirados y a guerrilleros y exguerrilleros. Lo primero que tenían que resolver era reclutar a los mejores y para eso contaron con la colaboración de superiores de las brigadas y batallones, simpatizantes y aliados de los grupos paramilitares, quienes se encargaban de  informar quiénes tenían los mejores desempeños en la institución armada y además estarían dispuestos a ser dados de baja por mejores sueldos en las filas de la contraguerrilla.

Los jefes de las autodefensas tuvieron claro que las tácticas y estrategias del ejército en su lucha contra la subversión habían sido ineficaces, y por eso, ellos no podían hacer el mismo tipo de guerra irregular que la fuerza pública había  librado hasta ese momento. Los fiscales de la Unidad de Justicia y Paz, Bloque Norte, Deicy Jaramillo y Germán Russi, han llegado a esta conclusión después de escuchar las versiones de Salvatore Mancuso (19 de diciembre de 2006 y enero 15 de 2007), así como también a los desmovilizados del Bloque Norte Jhon Jairo Esquivel Cuadrado alias ‘El Tigre’ y Alexander García Fuentes (marzo 11 de 2009), y más recientemente a José Efraín Pérez Cardona, alias ‘Eduardo’ también conocido como ‘400’, del Bloque Centauros el pasado 29 de octubre.

Había escuelas de combatientes y escuelas de comandantes e instructores. Los primeros ‘maestros’ fueron Carlos Castaño, conocido con los alias de ‘El Pelao’ o ‘Alex’; Manuel Salón alias ‘JL’, quien tenía como ayudante a alias ‘Estopín’ y Carlos Mauricio García Fernández alias ‘Rodrigo’ o ‘Doble Cero’. La primera escuela fue la ‘35’, conocida también como ‘La Empresa’, pues hacían parte de un grupo de fincas en Córdoba y Antioquia, que se comunicaban a través de una red de carreteras construidas por las autodefensas en un cuadrante que comprende los municipios de Valencia, Tierralta, Montería, San Pedro de Urabá y Arboletes. Entre ese grupo de fincas estaban Las Tangas, la 28, la 37, la 20, la 39, la 40 y la 50, en su mayoría a nombre de ganaderos tradicionales de la región.

En su versión del 15 de enero de 2007, Salvatore Mancuso Gómez, alias ‘Triple Cero’, ‘Santander Losada’ o ‘El Mono’, dijo que los entrenadores hacían parte de la fuerza pública y de las guerrillas. Los militares entrenaban en ejercicios físicos y militares y en las tácticas de combate básico (arrastre bajo, rollo); manejo de armas (fusiles y lanza granadas); e inteligencia (mimetismo, evasión y escape).

Pero el conocimiento de la guerrilla era indispensable, por un lado para saber cómo pensaban y por otra parte para implementar estrategias en las que han demostrado tener mucha experiencia, como infiltrar a la Fiscalía, al Ejército, Policía, Das, Gobierno Nacional, gobiernos departamentales, alcaldías y directivos de juntas de principales empresas. Los guerrilleros también tenían conocimiento y enseñaban a reclutar colaboradores en la población civil.

Además de la 35, que fue la primera escuela en el tiempo en esta última generación de paramilitares y tuvo como instructores a Carlos Castaño, ‘JL’, ‘Estopín’ y ‘Doble Cero’, estaba la Escuela de Cuadros de las Autodefensas (La Eca), que tuvo como instructor a Carlos Arturo Hernández, alias ‘Duncan’, del Bloque Héroes de Tolova, cuyo jefe máximo era alias ‘Don Berna’. Por la expansión y crecimiento de las autodefensas a partir de 2007, cada bloque fue autorizado a tener sus propias escuelas.

En Los Cristales, corregimiento de San Roque, Antioquia, por orden de Carlos Castaño, alias ‘Doble Cero’ fundó la escuela de ‘Los Corazones’  para comandantes e instructores, de la que salían especialistas en conflicto irregular. De acuerdo con la versión de Mancuso el 15 de enero de 2007, recibían entrenamiento especial en estrategia y táctica militar. El programa académico militar era impartido por militares que llevaba ‘Rodrigo’ ‘Doble Cero’. Los ‘alumnos’ eran capacitados en conflicto irregular por parte de guerrilleros y ex guerrilleros a quienes reclutaban -ya sea por la fuerza o a través de persuasión-, para que cambiaran de bando y ayudaran a reclutar colaboradores en la población civil bajo el camuflaje de campesinos que se disfrazaban de raspachines. Una tarea muy importante era el entrenamiento para armar y desarmar minas anti persona.

Una última escuela en Córdoba, fue la ‘Flores Arriba’, en Tierralta, Córdoba, en la que recibían entrenamiento especial en estrategia y táctica militar y capacitación en conflicto irregular. Tuvo como instructores a alias ‘Duncan’ y al mayor David Hernández, alias 39, que después pasó a formar parte del Bloque Norte bajo el mando de Jorge 40 y murió en enfrentamiento con el ejército.

Escuelas en Cesar
De acuerdo con el mismo informe presentado por los fiscales Deicy Jaramillo y Germán Russi, en el departamento del Cesar había escuelas en Codazzi (fincas  Mata de Indio y El Carmen); Becerril (barrio Altos del Divino Niño); Chiriguaná (hacienda Poponte); La jagua de Ibirico ( fincas La Victoria de San Isidro, San Antonio de Perijá, La Guarumera, Los Mangos, Campo Alegre, la Oficina y Buenos Aires); y en Valledeupar (fincas Villa Germania, Caminos de Tamacal, El Mamón y El Alto de la Vuelta).

La más conocidas y sobre las cuales se tiene información es la Escuela de El Silencio en Pailitas. De acuerdo con versión de Alexander García Fuentes, se trataba de un centro de entrenamiento y campamento de tropas, que recibían entrenamiento físico y adiestramiento entre las 5:00 pm y las 3:00 pm. Otra escuela a la que se refirió Jhon jairo Esquivel Cuadrado, alias ‘El Tigre’, es ‘La Pola’ o ‘La Ponderosa’, también centro de entrenamiento y campamento en donde se impartía entrenamiento en tácticas de combate y antisubversivo. Adiestraban en estrategias como el ‘Golpe de mano’, que consistía en asaltar campamentos de la guerrilla sigilosamente para aniquilarlos. También recibían instrucción en patrullaje diurno y nocturno, señales de aviso, movilización de tropas, uso de arma blanca e inteligencia, especialmente en manejo de civiles, búsqueda de informantes, comportamiento con entidades neutras y manejo de equipos de comunicaciones.

Los tiempos de entrenamientos variaban de escuela a escuela, en unas podían durar de tres a seis meses y en otras, mínimo veinte días o un mes. Al final, la práctica era entre ellos mismos. Los compañeros que no pasaban el curso eran sacrificados y los compañeros ‘sobresalientes’ los ejecutaban con armas de fuego o con arma blanca, para aprender a degollar y picar. Estos campamentos o escuelas de entrenamiento también terminaron convertidas en cementerios de los miles de alumnos que reprobaron las clases